Оскільки ПФЕ, як складова обов'язкового медичного огляду, є діагностичною процедурою, вона повинна здійснюватись стандартизовано, згідно встановлених порядку, норм і правил. У сфері охорони здоров'я такі галузеві стандарти затверджуються у клінічних протоколах (згідно статті 141). Клінічний протокол - уніфікований документ, який визначає вимоги до діагностичних, лікувальних, профілактичних та реабілітаційних методів надання медичної допомоги та їх послідовність.
Додержання стандартів медичної допомоги (медичних стандартів), клінічних протоколів, табелів матеріально-технічного оснащення є обов'язковим для всіх закладів охорони здоров'я, а також для фізичних осіб - підприємців, які провадять господарську діяльність з медичної практики.
На жаль, бюрократична машина Міністерства охорони здоров'я досить неповоротка, і на сьогодні ще не розроблена і не затверджена велика кількість стандартів, в тому числі й щодо ПФЕ. Відсутність стандарту - не привід відмовлятись від здійснення тієї чи іншої діагностичної процедури. Так, формально не затверджені стандарти проведення електрокардіографічного, рентгенологічного обстеження або проведення вестибулометрії, але ніхто - ні лікарі, ні пацієнти не ставлять під сумнів легітимність їх проведення.
Для діагностичного інструментарію, що застосовується при ПФЕ, як і для будь-якого іншого методу діагностики, МОЗ повинно надати дозвіл на застосування у сфері охорони здоров'я (стаття 44). За нашою інформацією, таким психофізіологічним інструментарієм є програмні та програмно-апаратні комплекси «Версія,1» і «Психолот» а також для застосовування на транспорті та в ряді інших галузей комплекси «Мортест» і «Спас-14-15».
Отже, ПФЕ може і повинна проводитись, незважаючи на деяку нормативну неузгодженість.
Фахівцями-психофізіологами уже більше 10 років здійснюються спроби подолати цю неузгодженість. За цей час було запропоновано для публічного обговорення і подання для затвердження установленим порядком декілька проектів нормативних актів, в тому числі проект постанови Кабінету міністрів України щодо введення в дію порядку проведення ПФЕ працівників, які залучаються до виконання робіт підвищеної небезпеки та тих, що потребують професійного добору. В цілому вони були позитивно сприйняті громадськістю та роботодавцями. Але постійні динамічні процеси у нашому суспільстві та суб’єктивні позиції супротиву окремих чиновників чи окремих громадських організацій (наприклад, профспілки транспортників) блокують введення в дію цих важливих нормативних актів, які можуть узгодити більшість проблемних питань організації та процедури ПФЕ. Акцентуємо увагу на визначенні статті 31 Закону України "Основи законодавства України про охорону здоров'я" стосовно вимоги, що порядок медичних оглядів визначається Кабінетом Міністрів України. Тому порядок ПФЕ також повинен бути введеним в дію відповідною постановою Кабінету міністрів України.
Виникає питання: хто має право проводити ПФЕ?
Деякі керівники підприємств посилаються на листи та коментарі представників колишнього Держгірпромнагляду, у яких виключне право на здійснення ПФЕ надається установам, закладам, організаціям, що входять до Системи професійного психофiзiологiчного вiдбору працiвникiв для виконання робiт пiдвищеної небезпеки (положення про Систему затверджено наказом Держнаглядохоронпраці України № 75 вiд 04.05.2005 року). Наказ Держнаглядохоронпраці № 75 зіграв свою позитивну роль у становленні ПФЕ в Україні. Проте, цей наказ не є нормативним актом (не був юстованим, оприлюдненим тощо), відповідно, не встановлює жодних повноважень чи обмежень для суб'єктів господарювання.
Позиція МОЗ України наступна: ПФЕ повинна проводитись як складова частина обов'язкового медогляду, проводити її має право лікар-психофізіолог у закладі охорони здоров'я з оформленою ліцензією на медичну практику з психофізіології.